6НДФЛ, разница между оплаченным 2 ндфл и отражением в отчете

При умножении суммы дохода на ставку налога может получиться не целое число. Иначе говоря, сумма в рублях и копейках. Но исчислен налог должен быть в полных рублях. Поэтому значение меньше 50 копеек отбрасывается, а 50 копеек и больше – округляется до целого рубля (п. 6 ст. 52 НК РФ).

Перечисляется НДФЛ в бюджет тоже в полных рублях.

Например, доход работника составляет 18 655 руб., применяемая ставка налога – 13%. Рассчитаем налог: 18 655 руб. х 13% = 2425,15 руб. или 2 425 руб. 15 коп. После округления исчисленный НДФЛ составит 2 425 руб. И столько же надо уплатить в бюджет.

Поправки в НК в части исчисления суммы НДФЛ не запланированы. Поэтому далее исчислять и уплачивать налог нужно в целых рублях. Суммовые показатели в справке 2-НДФЛ должны быть указаны в рублях и копейках, за исключением сумм налога, которые показываются в полных рублях (раздел I Рекомендаций по заполнению формы 2-НДФЛ, утв. Приказом ФНС от 17.11.2010 № ММВ-7-3/611@).

Вот Вам и ответ: налоговая просто не видит 2-НДФЛ годовую, а как разнесёт ее у себя - повылезают Ваши "внутригодовые" недоплаты с пенями. Мелочь, а неприятно.