ИП раздельный учет.
Возможность применения УСН зависит не от вида деятельности, который осуществляет фирма или ИП, а от масштабов деятельности. Упрощенка и ОСНО являются базовыми системами налогообложения, что объясняет невозможность их одновременного применения. Такую позицию поддерживает Минфин в своих письмах от 08.09.2015 № 03-11-06/2/51596, от 21.04.2011 № 03-11-06/2/63.
Суды придерживаются аналогичной позиции (определения КС РФ от 16.10.2007 № 667-О-О, ВАС РФ от 04.10.2011 № ВАС-13098/11 по делу № А06-6415/2010).
Условно исключением ранее можно было считать ситуацию, аналогичную рассмотреной Минфином России в письмах от 18.07.2014 № 03-11-12/35437 и от 26.11.2015 № 03-11-12/68872. ИП сочетал ПСН и УСН, но утратил право на применение патентной системы до окончания календарного года.
Прежняя редакция НК РФ содержала такую норму: если предприниматель теряет право на применение ПСН, то за весь период с начала применения патента и до момента потери права на него ИП обязан уплатить налоги по ОСНО. Причем такая обязанность была, даже если по остальной деятельности предприниматель применял упрощенку. Получалось, что в вынужденном порядке в таких случаях ИП временно совмещал УСН и ОСНО.
Законом от 30.11.2016 № 401-ФЗ были внесены правки в п. 6 ст. 346.45 НК РФ. Согласно текущей редакции НК РФ при утрате права на патент ИП может платить налоги исходя из ОСНО, а также исходя из ЕСХН или УСН (если с этими системами ПСН совмещалась).
Вот статья на сайте.