Правильно хочет покупатель. Он деньги платил с НДС и желает это учесть. На самом деле, в данном случае надо было делать "финт ушами" по нормам статьи 346.25 НК РФ - по ним НДС с авансов полученных можно принять к вычету в последнем месяце перехода на ОСНО. Уведомить об этом покупателя, перевыставить документы (уже без НДС) и скорректировать платеж (вернуть покупателю его НДС). То есть делать это надо было в том же декабре 2016, после получения аванса.

Но теперь уже поезд ушел ( и далеко :)) Остается только попрощаться с уплаченным с авансов НДС и выдать покупателю документы как он просит.