Восстановление НДС с полученных авансов

Увы, никак.
На общем режиме налогообложения при получении авансовых платежей в счет предстоящей отгрузки товаров (работ, услуг) налогоплательщик обязан исчислить НДС и уплатить его в бюджет. Когда товар будет отгружен, работы выполнены, услуги оказаны, налогоплательщик имеет право принять ранее уплаченные в бюджет суммы НДС к вычету.
Однако если к моменту выполнения обязательств по договору (к моменту отгрузки товаров, работ, услуг) организация уже перешла на УСН, то принять уплаченные с авансов суммы НДС к вычету она уже не сможет, так как организации, применяющие УСН, плательщиками НДС не являются, на них нормы главы 21 НК РФ не распространяются.
Причем вычет авансового НДС невозможен и в той ситуации, когда в момент отгрузки товаров (работ, услуг) продавец, уже находящийся на УСН, выставляет покупателям счета-фактуры с выделенной суммой НДС. В этом случае продавец-"упрощенец" на основании п. 5 ст. 173 НК РФ должен уплатить в бюджет всю сумму НДС, указанную в выставленных покупателям счетах-фактурах. При этом права на вычет НДС, исчисленного ранее при получении авансов, у него все равно нет (см. письмо Минфина России от 01.04.2008 № 03-11-05/78).
В ст. 346.25 НК РФ установлено правило: суммы НДС, исчисленные и уплаченные на общем режиме с сумм оплаты, частичной оплаты, полученной до перехода на УСН в счет предстоящих поставок товаров, выполнения работ, оказания услуг или передачи имущественных прав, осуществляемых в период после перехода на УСН, подлежат вычету в последнем налоговом периоде, предшествующем месяцу перехода налогоплательщика на УСН, при наличии документов, свидетельствующих о возврате сумм налога покупателям в связи с переходом налогоплательщика на УСН. То есть для того, чтобы вернуть сумму налога покупателю, надо этот вопрос с ним сначала согласовать путем внесения изменений в договор об исключении НДС из состава цены.
Еще один вариант предложен Минфином России. Если организация принимает решение перейти со следующего года на УСН, то при заключении договоров на реализацию товаров (работ, услуг), которые будут отгружаться покупателям в следующем году (после перехода на УСН), она может определять цену этих товаров (работ, услуг) уже без учета НДС. При получении авансов по таким договорам НДС исчислять и уплачивать в бюджет не нужно, поскольку на основании п. 1 ст. 154 НК РФ оплата (частичная оплата), полученная налогоплательщиком НДС в счет предстоящих поставок товаров, не подлежащих налогообложению, в налоговую базу не включается (см. письмо Минфина России от 25.12.2009 № 03-11-06/2/266).