Возмещение НДС с авансов при раздельном учете

Всем добрый день!Сложилась ситуация: заключили долгосрочный договор с Заказчиком на выполнение работ. Получили от него аванс, возмещали НДС по мере отработки согласно законодательства. Позже появились 2 доп.соглашения на дополнительные работы по договору, по которым тоже были перечислены авансы. Далее заказчик выразил желание, чтобы учет велся раздельно по каждому доп.соглашению.То есть по каждому доп.соглашению составляется отдельный акт сверки. Вопрос: как теперь возмещать НДС с авансов по данным доп.соглашениям??Могут ли счета-фактуры, выставленные по основному договору считаться отработкой авансов по доп.соглашениям (по налоговому учету)? Или возмещать именно счетами-фактурами, выставленными непосредственно по доп.соглашениям? Нигде такая информация не уточняется....