На УСН два вида деятельности

А чего ставки разные у вас? Если я правильно поняла, то вы хотите один вид деятельности оставить на УСН «Доходы», а второй выбрать УСН «Доходы минус расходы»? Так не бывает. На УСН вы должны выбрать: либо применять УСН «Доходы» либо УСН «Доходы минус расходы». УСН можно совмещать только с ЕНВД и ПСН. Исходя из этого и будете считать налог. Если выберете доходную УСН, то будете брать процент от вашего дохода. Если выберите доходно-расходную УСН, то базой для расчета налога будет разница между доходами и расходами.

Однако заметьте, НК РФ установлено, что смена объекта налогообложения при УСН возможна не ранее начала следующего календарного года (налогового периода). Ст. 364.14 НК РФ запрещает переход на новый объект налогообложения в течение года. Ежегодная смена объекта налогообложения — право любого налогоплательщика (п. 2 ст. 346.14 НК РФ). Данная возможность не зависит от срока давности работы на УСН. Если вы решите изменить все-таки объект налогообложения, то об этом вам нужно будет сообщить в налоговые органы до 31 декабря текущего года. Форма уведомления 26.2-6 утверждена приказом ФНС России от 02.11.2012 № ММВ-7-3/829@. Так что, раз вы сейчас применяете доходную УСН, а уведомление до 31 декабря 2018 года не успели подать, то вам придется этот год применять УСН 5% в любом случае. При этом на УСН будут находиться все ваши виды деятельности, как старый, так и новый.